一、操作系统的选择
FTP服务器首先是基于操作系统而运作的，因而操作系统本身的安全性就决定了FTP服务器安全性的级别。虽然Windows 98/Me一样可以架设FTP服务器，但由于其本身的安全性就不强，易受攻击，因而最好不要采用。Windows NT就像鸡肋，不用也罢。最好采用Windows 2000及以上版本，并记住及时打上补丁。至于Unix、Linux，则不在讨论之列。
二、使用防火墙
端口是计算机和外部网络相连的逻辑接口，也是计算机的第一道屏障，端口配置正确与否直接影响到主机的安全，一般来说，仅打开你需要使用的端口，将其他不需要使用的端口屏蔽掉会比较安全。限制端口的方法比较多，可以使用第三方的个人防火墙，这里只介绍Windows自带的防火墙设置方法。
1.利用TCP/IP筛选功能
在Windows 2000和Windows XP中，系统都带有TCP/IP筛选功能，利用它可以简单地进行端口设置。以Windows XP为例，打开“本地连接”的属性，在“常规”选项中找到“Internet协议(TCP/IP)”，双击它打开该协议的属性设置窗口。点击右下方的“高级”按钮，进入“高级TCP/IP设置”。在“选项”里选上“TCP/IP筛选”并双击进入其属性设置。这里我们可以设置系统只允许开放的端口，假如架设的FTP服务器端口为21，先选上“启用TCP/IP筛选(所有适配器)”，再在TCP端口选项中选择“只允许”，点“添加”，输入端口号21，确定即可。这样，系统就只允许打开21端口。要开放其他端口，继续添加即可。这可以有效防止最常见的139端口入侵。缺点是沪能过于简单，只能设置允许开放的端口，不能自定义要关闭的端口。如果你有大量端口要开放，就得一个个地去手工添加，比较麻烦。
2.打开Internet连接防火墙
对于Windows XP系统，自带了“Internet连接防火墙”功能，与TCP/IP筛选功能相比，设置更方便，功能更强大。除了自带防火墙端口开放规则外，还可以自行增删。在控制面板中打开“网络连接”，右击拨号连接，进入“高级”选项卡，选上“通过限制或阻止来自Internet的对此计算机的访问来保护我的计算机和网络”，启用它。系统默认状态下是回闭了FTP端口的，因而还要设置防火墙，打开所使用的FTP端口。点击右下角的“设置”按钮进入“高级设置”，选中“FTP服务器”，编辑它。由于FTP服务默认端口是21，因而除了IP地址一栏外，其余均不可更改。在IP地址一栏填入服务器公网ip，确定后退出即可即时生效。如果架设的FTP服务器端口为其他端口，比如22，则可以在“服务”选项卡下方点“添加”，输入服务器名称和公网IP后，将外部端口号和内部端口号均填入22即可。
三、对IIS、Serv-u等服务器软件进行设置
除了依靠系统提供的安全措施外，就需要利用FTP服务器端软件本身的设置来提高整个服务器的安全了。
1.IIS的安全性设置
1)及时安装新补丁
对于IIS的安全性漏洞，可以说是“有口皆碑”了，平均每两三个月就要出一两个漏洞。所幸的是，微软会根据新发现的漏洞提供相应的补丁，这就需要你不断更新，安装最新补丁。
2)将安装目录设置到非系统盘，关闭不需要的服务
一些恶意用户可以通过IIS的溢出漏洞获得对系统的访问权。把IIS安放在系统分区上，会使系统文件与IIS同样面临非法访问，容易使非法用户侵入系统分区。另外，由于IIS是一个综合性服务组件，每开设一个服务都将会降低整个服务的安全性，因而，对不需要的服务尽量不要安装或启动。
3)只允许匿名连接
FTP最大的安全漏洞在于其默认传输密码的过程是明文传送，很容易被人嗅探到。而IIS又是基于Windows用户账户进行管理的，因而很容易泄漏系统账户名及密码，如果该账户拥有一定管理权限，则更会影响到整个系统的安全。设置为“只允许匿名连接”，可以免却传输过程里泄密的危险。进入“默认FTP站点”，在属性的“安全账户”选项卡内，将此选项选上。
4)谨慎设置主目录及其权限
IIS可以将FTP站点主目录设为局域网内另一台计算机的共享目录，但在局域网里，共享目录很容易招致其他计算机感染的病毒攻击，严重时甚至会造成整个局域网瘫痪，不到万不得已，最好使用本地目录并将主目录设为NTFS格式的非系统分区。这样，在对目录的权限设置时，可以对每个目录按不同组或用户来设置相应的权限。右击要设置的目录，进入“共享和安全→安全”里设置，如非必要，不要授予“写入”权限。
5)尽量不要使用默认端口号21
启用日志记录，以备出现异常情况时查询原因。
2.Serv-u的安全性设置
与IIS的FTP服务相比，Serv-u在安全性方面做得比较好。
1)对“本地服务器”进行设置
首先，选上“拦截FTP_bounce攻击和XP”。通常，当使用FTP协议进行文件传输时，客户端首先向FTP服务器发出一个“PORT”命令，该命令包含此用户的IP地址和将被用来进行数据传输的端口号，服务器收到后，利用命令所提供的用户地址信息建立与用户的连接。大多数情况下，上述过程不会出现任何问题，但当客户端是一名恶意用户时，可能会通过在PORT命令加入特定的地址信息，使FTP服务器与其它非客户端的机器建立连接。虽然这名恶意用户可能本身无权直接访问某一特定机器，但是如果FTP服务器有权访问该机器的话，那么恶意用户就可以通过FTP服务器作为中介，仍然能够最终实现与目标服务器的连接。这就是FXP，也称跨服务器攻击。选上后就可以防止发生此种情况。
其次，在“高级”选项卡，检查“加密密码”和“启用安全”是否被选上，如果没有，选择它们。“加密密码”使用单向Hash函数(MD5)加密用户口令，加密后的口令保存在ServUDaemon。ini或是注册表里。如果不选择此项，用户口令将以明文形式保存在文件：“启用安全”将启动Serv-u服务器的安全成功。
